松花石是一种海陆交替沉积、叠层石开始出现的时期形成的产物。它形成于8.8亿年前的震旦纪，（震旦纪开始约8亿年前，结束于6亿年前，在这一时期形成的地层称震旦系。）所处的地质时期为远古宙新元古代的南芬组。

新元古代的生物发展经历了真核生物、后生生物、叠层石三大发展阶段。叠层石则是藻类和菌类由单一生存变为集体群居的写照。叠层石的形成，是藻类或菌类群通过生产和代谢活动吸收沉淀矿物质或捕获矿物颗粒所生成的生物沉积构造。松花石就是这样一种岩性为含硅质的泥晶灰岩，主要矿物成分为微晶方解石、石英、绿泥石等。据专家考证，元古宙新元古代的南芬组布满了各种颜色的水藻，加之吸收沉淀的矿物质或捕获的各种矿物颗粒，也就形成了人们所看到的红、黄、青、蓝、紫、绿、橙、白等基色及各种色泽交替生辉的复色，肤质如玉似瓷，甚是精美的松花石。